CEU:n tohtoriohjelmat ovat täysin rahoitettuja opinto-ohjelmia, joiden vakiokesto on 4 vuotta ja joissa myönnetään yhdysvaltalainen ja itävaltalainen tutkinto. Myöhäisen antiikin, keskiajan ja varhaismodernin tutkimuksen tohtoriohjelman tärkeimmät tavoitteet ovat monitieteisen keskiajan tutkimuksen edistäminen, uusien näkökulmien avaaminen ja uusien lähestymistapojen kehittäminen.