CEU:n tohtoriohjelmat ovat täysin rahoitettuja opinto-ohjelmia, joiden vakiokesto on 4 vuotta ja joissa myönnetään yhdysvaltalainen ja itävaltalainen tutkinto. Tohtoriohjelmassa ei ole erillisiä sosiologian ja antropologian raitoja - molemmat tieteenalat ovat integroituja. Opiskelijoita rohkaistaan tekemään empiiristä tutkimusta useilla eri menetelmillä, mutta teoreettisesti tietoon perustuvat lähestymistavat, jotka kattavat laajan älyllisen agendan, ovat etusijalla.