CEU:n tohtoriohjelmat ovat täysin rahoitettuja opinto-ohjelmia, joiden vakiokesto on 4 vuotta ja joissa myönnetään yhdysvaltalainen ja itävaltalainen tutkinto. CEU:n tohtoriohjelman etuja ovat eri aiheisiin, eri aikakausiin ja eri maantieteellisiin alueisiin erikoistuneiden opiskelijoiden väliset tunnit ja keskustelut, joissa voidaan muotoilla uusia tutkimuskysymyksiä jopa oman kansallisen historian osalta. Nykyisen Ph.D:n tekemä tutkimus. opiskelijat ja jo puolustetut menestyksekkäät väitöskirjat antavat parhaan kuvan siitä, mitä CEU:n historian tohtoriohjelmassa on mahdollista.

Tämän keskittymän opiskelijat keskittyvät kahden tai useamman teologisen lähestymistavan vertailuun etiikan alan aiheisiin.

Innoittamana yhä moniarvoisemmasta globaalista kontekstista, joka tuo erilaisia uskonnollisia maailmoja kosketukseen, tämä keskittyminen valmistaa opiskelijoita osallistumaan eri uskontojen erillisten teologioiden, käytäntöjen ja etiikan tutkimiseen dialogisesta näkökulmasta.

Kulttuuriperinnön hallinnan jatko-erikoistuminen on ensimmäinen laatuaan Unkarissa. Se tarjoaa opiskelijoille jatko-opiskelijoiden mahdollisuuden tutkia koulutettujen ammattilaisten, joilla on taitoja ja koulutusta, kasvavaa kysyntää tutkia kulttuuriperinnön käsitteitä ja merkitystä sekä kestäviä ja toimivia järjestelmiä, joiden tarkoituksena on säilyttää ja suojella kulttuuriperintöä tuleville sukupolville.