Tohtorikoulun ensisijaisena tehtävänä on tarjota korkeatasoisia ja Bolognan järjestelmän vaatimusten mukaisia arkkitehtuuritekniikan tohtorikoulutusohjelmia niille johtaville arkkitehdeille, joilla on maisterin tai tohtorin tutkinto, sekä niille, joilla on maisterin tai tohtorin tutkinto arkkitehtuuriin liittyvältä alalta.

Lääketieteellisen tiedekunnan monitieteisen lääketieteen tohtorikoulutuksen rakenne on samanlainen kuin useimmissa eurooppalaisissa ja amerikkalaisissa yliopistoissa. Pécsin yliopisto myöntää tohtorin tutkinnon (PhD), joka on korkein yliopistossa saavutettavissa oleva tutkinto, niille, jotka ovat osoittaneet hankkineensa riittävät käytännön taidot ja teoreettiset tiedot itsenäiseen tieteelliseen tutkimukseen.

Lääketieteellisen tiedekunnan kliinisten neurotieteiden tohtorikoulutus on rakenteeltaan samanlainen kuin useimmissa eurooppalaisissa ja amerikkalaisissa yliopistoissa. Pécsin yliopisto myöntää tohtorin tutkinnon (PhD), joka on korkein yliopistossa saavutettavissa oleva tutkinto, niille, jotka ovat osoittaneet hankkineensa riittävät käytännön taidot ja teoreettiset tiedot itsenäiseen tieteelliseen tutkimukseen.

Biologian ja urheilubiologian tohtorikoulu tarjoaa biologian tohtorintutkintoa biologian ja urheilubiologian monilla eri aloilla, kuten genetiikassa, mikrobiologiassa, kasvibiologiassa, ekologiassa, säätelybiologiassa, kuntoilussa, stressissä, urheilussa ja immuunijärjestelmässä. Erinomaisesti varustettuja laboratorioita on saatavilla biologian osastoilla ja UP:n Szentágothai-tutkimuskeskuksessa sekä Balatonin limnologisessa instituutissa. Kansainvälisten yhteyksien avulla annamme tohtoriopiskelijoillemme mahdollisuuden liikkuvuuteen.

Fysiikan tohtorikoulu kattaa alat, jotka ovat fysiikan laitoksen tutkimuskohteita: laserfysiikka, mukaan lukien THz- ja röntgenlaseritutkimus, epälineaarinen optiikka, ultrakaarien laserpulssien tuottaminen, hiukkasten kiihdyttäminen laserilla, kvantti-informatiikka, teoreettinen atomi- ja molekyylifysiikka. Suurenergisten THz-pulssien ja niiden sovellusten maailman johtavalla tutkimuksella on instituutissa vahvat perinteet. Tohtorikoulu tekee tiivistä yhteistyötä Unkarin tiedeakatemian kolmen instituutin kanssa: Wignerin tutkimuskeskuksen kiinteän olomuodon fysiikan instituutin ja hiukkas- ja ydinfysiikan instituutin sekä teknisen fysiikan ja materiaalitieteen instituutin, Szegedissä sijaitsevan Extreme Light Infrastructure (ELI-ALPS) -instituutin sekä useiden kansainvälisten tieteellisten yhteistyökumppaneiden ja paikallisten teollisten kumppaneiden kanssa.\nOpiskelijat kykenevät syntetisoimaan teoreettisia ja empiirisiä tutkimuksia, tekemään omia tutkimuksiaan ja esittämään ne sekä suullisesti että kirjallisesti.

Maantieteiden tohtorikoulu tarjoaa nelivuotisen koulutus- ja tutkimusohjelman maantieteen, geologian ja meteorologian eri aloilla. Opiskelijat voivat valita laajan valikoiman tutkimusaiheita kolmesta alaohjelmasta: fysikaalinen maantiede, geologia ja meteorologia; ihmismaantiede; geopolitiikka, geotalous ja poliittinen maantiede. Erinomaiset opiskelijat voivat saada tohtorin tutkinnon opintojensa ja tutkimustyönsä päätteeksi. Ohjelma alkoi vuonna 1994, ja sen jälkeen yli 100 tutkijaa on saanut tohtorin tutkinnon ja liittynyt tohtorikoulun alumniverkostoon.

Kemian tohtorikoulu tarjoaa nelivuotisen koulutus- ja tutkimusohjelman monilla kemiantieteiden aloilla, analyyttinen kemia, bioorgaaninen kemia, homogeeninen katalyysi, koordinaatioyhdisteiden kemia, sähkökemia, synteettinen orgaaninen kemia, teoreettinen kemia, ympäristökemia, biokemia ja erotusoppi. Kemian koulutusohjelma alkoi vuonna 1993, ja siitä lähtien opiskelijat ovat voineet käyttää kaikkia nykyaikaisia tekniikoita ja osallistua kansainvälisiin tieteellisiin tutkimusohjelmiin, minkä ansiosta erinomaiset opiskelijat voivat saada tohtorin tutkinnon täytettyään opintojensa vaatimukset.

Biologian ja spotbiologian tohtorikoulu tarjoaa biologian ja urheilubiologian tohtorintutkintoja monilla biologian ja urheilubiologian aloilla, kuten genetiikassa, mikrobiologiassa, kasvibiologiassa, ekologiassa, säätelybiologiassa, kunto-, stressi- ja urheilubiologiassa sekä immuunijärjestelmässä. Erinomaisesti varustettuja laboratorioita on saatavilla biologian osastoilla ja UP:n Szentágothai-tutkimuskeskuksessa sekä Balatonin limnologisessa instituutissa. Kansainvälisten yhteyksien kautta annamme tohtoriopiskelijoillemme mahdollisuuden liikkuvuuteen.

University of Pécs :n kauppatieteiden tiedekunta perusti kansainvälisen tohtorintutkintonsa. Aluekehitysohjelma ammattilaisille, jotka ovat keränneet alansa usean vuoden kokemuksen valtakunnallisella, alueellisella ja paikallisella päätöksentekotasolla tai ajatushautomoissa. Kansainvälinen Ph.D. Aluekehitysohjelma kuuluu aluepolitiikan ja taloustieteen tohtorikouluun ja sellaisenaan se on Unkarissa kansallisesti akkreditoitu tohtoriohjelma.

Liiketalouden kansainvälinen tohtorintutkinto on suunnattu liike-elämän tai julkishallinnon ammattilaisille, joilla on usean vuoden kokemus alaltaan, mutta ei välttämättä tutkimus- tai opetustehtävistä. Ohjelmassa yhdistyvät kontakti- ja etäopetuksen edut, ja siinä hyödynnetään tunnustettujen kansallisten ja kansainvälisten asiantuntijoiden panosta. Ohjelman suunnittelussa yhdistyvät tohtorikoulutuksen kaksi suurta kansainvälistä perinnettä, kuten amerikkalainen perinne (jossa tohtorin tutkinnon suorittaminen edellyttää usean vuoden muodollista koulutusta) ja eurooppalainen perinne (jossa kurssien määrä on yleensä rajallinen ja jossa painotetaan voimakkaasti itsenäistä väitöskirjatutkimusta).