Hallintotieteiden tohtori: Hallintotieteiden tohtorikoulu perustettiin vuonna 2013. Tällä hetkellä se on Unkarin ainoa julkishallintoon erikoistunut tohtorikoulu. Tohtorikoulun ohjelman tavoitteena on tarjota jatkotutkintotason koulutusta julkishallinnon alalla työskenteleville ammattilaisille (tutkijoille ja käytännön toimijoille)\nSotatieteiden tohtorikoulutus: Sotatieteiden tohtorikoululla on laaja kirjo tutkimusaloja: Turvallisuustutkimus, puolustustutkimuksen yhteiskunnalliset näkökohdat, yleinen sotateoria, sotatieteiden teoriat, puolustuslogistiikka ja puolustustalous, kansallinen turvallisuus sekä puolustuksen tietotekniikan ja viestinnän teoria\nSotatieteiden tohtorin tutkinto: Sotatekniikka sisältää kaikki sotilaallisiin sovelluksiin liittyvät tekniikan alat. Tämä tohtorintutkinto on ainutlaatuinen Euroopassa ja koko maailmassa.

Tohtorikoulun ensisijaisena tehtävänä on tarjota korkeatasoisia ja Bolognan järjestelmän vaatimusten mukaisia arkkitehtuuritekniikan tohtorikoulutusohjelmia niille johtaville arkkitehdeille, joilla on maisterin tai tohtorin tutkinto, sekä niille, joilla on maisterin tai tohtorin tutkinto arkkitehtuuriin liittyvältä alalta.

Kasvatustieteiden tohtorikoulussa keskitytään kasvatustutkimukseen, jossa koulujen piirteet, inhimilliset näkökohdat ja ammatillinen metodologia kohtaavat nykytaiteen ja historiallisen taiteen ja kasvatusnäkökohtien kanssa.

Tohtorikoulussa on kahdeksan tohtoriohjelmaa, jotka kattavat kaikki metsätalouden ja villieläinten hoitotieteiden alat ja rajapinnat. Tohtorikoulun koulutusta ja tutkimusta tehdään metsiin, luontoon ja luontoon liittyvissä perus- ja soveltavissa tieteissä. Tohtorikoulussa hankitut tiedot ja tutkinto ovat hyvä referenssi haettaessa johtaviin tehtäviin korkeakouluissa, tutkimuslaitoksissa, metsätaloudessa, riistanhoidossa ja luonnonsuojelussa.

Tohtorikoulun arkkitehtuurin tohtoriohjelma kattaa arkkitehtuurin ja kaupunkiarkkitehtuurin ohjelmat, jotka käsittelevät suunnittelun eri osa-alueita (sosiaalisten tilojen arkkitehtuuri, arkkitehtuurisuunnittelu ja -suunnittelu, tuotantoympäristön suunnittelu, asuinympäristön suunnittelu, yhdyskuntasuunnittelu).

Lääketieteellisen tiedekunnan monitieteisen lääketieteen tohtorikoulutuksen rakenne on samanlainen kuin useimmissa eurooppalaisissa ja amerikkalaisissa yliopistoissa. Pécsin yliopisto myöntää tohtorin tutkinnon (PhD), joka on korkein yliopistossa saavutettavissa oleva tutkinto, niille, jotka ovat osoittaneet hankkineensa riittävät käytännön taidot ja teoreettiset tiedot itsenäiseen tieteelliseen tutkimukseen.

Opiskelija saa vahvat teoreettiset, tutkimusmenetelmät ja tieteelliset taustat ja täydentää tutkimustaan yksilöllisesti ohjaajiensa ohjauksella. Valvontaa tarjoavat Unkarin huippuasiantuntijat ja puututkijat. Aiheet liittyvät tyypillisesti teollisiin tutkimus- tai innovaatiohankkeisiin siten, että Sopronista valmistuneilla tohtoreilla on paitsi vahva teoreettinen tausta, myös hyvin käytännönläheinen tutkija.

Soveltavan informatiikan ja sovelletun matematiikan tohtorikoulu aloitti toimintansa. Vuonna 2009. Sen tavoitteena on kouluttaa tutkijoita-pääasiassa insinööritaustaa-, jotka tuntevat tietotekniikan, tietojenkäsittelytieteen ja soveltavan matematiikan menetelmät ja tekniikat ja jotka voivat ratkaista todellisia teollisia tutkimus- ja kehitystehtäviä käyttämällä monialaista tietämystä, viestintää taitoja ja kokemusta ryhmätyöstä.

Kulttuuriperinnön hallinnan jatko-erikoistuminen on ensimmäinen laatuaan Unkarissa. Se tarjoaa opiskelijoille jatko-opiskelijoiden mahdollisuuden tutkia koulutettujen ammattilaisten, joilla on taitoja ja koulutusta, kasvavaa kysyntää tutkia kulttuuriperinnön käsitteitä ja merkitystä sekä kestäviä ja toimivia järjestelmiä, joiden tarkoituksena on säilyttää ja suojella kulttuuriperintöä tuleville sukupolville.

Kansainvälisten suhteiden monitieteinen tohtorikoulu.