On paljon laitosten korkeakoulutuksen kaikkialla Kirgisiassa. Tämä sisältää noin kolmekymmentä seitsemän julkisia yliopistoja ja kahdeksantoista yksityisiä yliopistoja. Keskeiset yliopistojen Kirgisia kuuluu University Keski-Aasian ja Kirgisian kansallinen yliopisto.

Tohtorin tutkintoa pääsee yleensä suorittamaan vain, jos on jo valmiiksi suorittanut maisterin tutkinnon. Tutkintoon kuuluu myös tutkielma tai väitöskirja, joka sisältää tuoretta akateemista tutkimustietoa. Joissain maissa väitöskirjaa tulee myös puolustaa vertaispaneelin edessä.